PDFを比較したい時に便利なプラグインがあります。
Winmergeというツールの拡張機能を使うとスムーズな比較が可能です。
（Winmergeのインストールは割愛します）
下記より拡張機能をダウンロードします。
ダウンロードしたファイルは好きなところに解凍しておいてください。
xdocdiffPluginのインストールと使い方
これで簡単にPDFの比較ができます。
まとめ
xdocdiffPluginはPDFだけではなくエクセルの比較やワードの比較することも可能です。
まさに万能ツールです。
